Fegyverét sosem használta.
Állása hamarosan megszűnt, barátai, nővére, unokafivérei nyugatra távoztak. Konrád az otthonmaradás mellett döntött.
Megélhetését alkalmi munkákból fedezte. Korrepetált, lektori jelentéseket írt, fordított, segédmunkás volt.
1959 nyarától jutott állandó álláshoz a budapesti, hetedik kerületi gyámhatóságon, mint gyermekvédelmi felügyelő. Hét évig maradt ebben a munkakörben, amely A Látogató (Magvető, 1969.) című regényének élményanyagát táplálta. A könyv élénk és ellentétes visszhangot keltett: a hivatalos kritika lesújtó volt, a nem hivatalos fölértékelő. Hamarosan 13 nyelvre lefordították, rangos kiadók és kritikusok valamint a hazai írótársak elismerően fogadták. A kor vezető amerikai kritikusa, Irving Howe szerint Konrád ezzel az egy könyvével az európai irodalom élvonalába került.
A hatvanas évek elején Konrád részt vett az akkori fiatal, nem hivatalos írók sporadikus társadalmi életében, különböző kávéházi asztalok és folyóiratok körül szerveződő társaságában. 1960 és 65 között másodállásban a Magyar Helikon Könyvkiadó lektora volt, ahol felelős szerkesztőként Gogol, Turgenyev, Tolsztoj, Dosztojevszkij, Babel, és Balzac műveit gondozta. Esszéket publikált a Jelenkor, a Kortárs, a Nagyvilág és a Valóság című folyóiratokban.
1965-ben állást változtatott, a Városépítési Tudományos és Tervező Intézet tudományos munkatársa lett, ahol városszociológiai kutatásokat végzett a Magyar Tudományos Akadémia szociológiai kutatócsoportjával, szorosabban Szelényi Iván városszociológussal együttműködve. Közös munkájukból számos tanulmány származott, egy könyv Az új lakótelepek szociológiai problémáiról (1969) és két nagyobb munka az ország területi gazdálkodásáról és igazgatásáról, valamint az országban zajló urbanisztikai és ökológiai folyamatokról.
Urbanisztikai élményvilága segítette A városalapító című regényének megírását. A Látogató nyelvi, formai kísérletét, metaforikus sűrítéseit és halmozásait második regényében radikálisan továbbvitte. „Hier spricht ein Wahnsinniger”, (Itt egy őrült beszél), írta az egyik német kritikus komoly elismerések kiséretében. A Városalapító magyarul csak cenzúrázott formában jelenhetett meg a Magvető kiadónál 1977-ben. Külföldön megjelent többek között a Suhrkamp, a Seuil, a Harcourt, Brace and Jovanovich kiadóknál, valamint Philip Roth Penguin sorozatában. Carlos Fuentes előszavával.
Konrád 1973 júliusában a politikai rendőrség nyomására elvesztette állását. Fél évig a dobai munkaterápiás elmegyógyintézetben dolgozott segédápolóként.
Az együttműködés Szelényi Ivánnal barátsággá mélyült, tapasztalataik összegezéseképpen kialakult egy társadalomelméleti koncepció vázlata, amelynek alapján 1974-ben megírták Az értelmiség útja az osztályhatalomhoz című könyvüket
1974 őszén, kevéssel a külföldön megjelentetni szándékozott Értelmiség könyv befejezése után a politikai rendőrség is akcióba lépett, a szerzők minden lakóhelyét lehallgatták, személyi követőkkel vették körül őket, házkutatásokat tartottak, amelynek során Konrád naplójegyzeteinek jelentős hányadát elkobozták, a szerzőket pedig letartóztatták államellenes izgatás címén. Ügyészi figyelmeztetésben részesítették őket, és egyben tájékoztatták őket arról, hogy családostul kivándorolhatnak. Szelényi élt a lehetőséggel, Konrád maradt, és a belső emigráció életformáját választotta. Az értelmiség útja az osztályhatolomhoz elrejtett és kicsempészett kézirata több nyelvre lefordítva nyugati kiadóknál jelent meg, és mindmáig számos egyetemen ajánlott olvasmány.
1974-ben a Die Zeit német hetilapnak adott interjúban leszögezte a publikációra vonatkozó alapelveit: „Írom, amit írok, a magyar állami kiadók kiadnak tőlem, amit akarnak, én viszont úgy jelentetem meg munkáimat, ahogy tudom.” Ebben benne volt a honi szamizdat és a nyugati kiadók előzetes cenzúra és engedélyezés nélküli választása. Gyakorlatilag ettől az időtőtől fogva 1989-ig Konrád Magyarországon betiltott szerző volt, semmilyen legális jövedelme nem lehetett. Megélhetését külföldi honoráriumai biztosították. A könyvtárakban munkáit zárt anyaggá nyilvánították, tilos volt a rádióban vagy a televízióban szóhoz juttatni.
1976-ban lejárt az utazási tilalom. Minthogy már két regénye jelent meg német nyelven, a Deutscher Akademischer Austauschdienst (DAAD) berlini művészprogramjának kuratóriuma egy éves ösztöndíjat ajánlott föl neki. Konrád egy évet Berlinben, majd még egy évet amerikai kiadójának ösztöndíja révén az Egyesült Államokban töltött. Ezalatt írta meg A cinkos című regényét.
1977 és 1982 között keletkezett két esszékötete, Az Autonómia kísértése és az Antipolitika . Ezek az írások már az egész európai politikai statusquo-t tették kérdésessé. Az Antipolitika az európai tömbrendszer alapját, a Jaltai megállapodást, mint az esetleges harmadik világháború kitörésének okozóját ábrázolta. Közép-európai meditációk alcímmel jelent meg a könyv, és egyike volt azoknak a hangoknak, amelyek Közép-Európa kiválását igényelték a szovjet tömbből, mint az európai béke feltételét. Konrád az elsők között prognosztizálta a vasfüggöny belátható időn belüli eltűnését. Van-e még álom Közép-Európáról című esszéjét 1984-ben olvasta föl a bécsi Schwarzenberg palotában, a bécsi egyetem által neki itélt Herder díj átvétele alkalmával. Esszéit az elemzők Adam Michnik, Milan Kundera, Vaclav Havel , Czeslaw Milos és Danilo Kis írásaival rokonították. Németországi tartózkodása során kapcsolatba került a független békemozgalommal, amely nem csupán a rakéták számának csökkentéséről beszélt, hanem Európa és benne Németország kettéosztásának felszámolását igényelte.
1973 és 1989 között épül ki az a baráti társaság, amelyben a politikai és művészi szubkultúra találkozott, és amely függetlenítette magát a hivatalos kultúrától. Konrád a sokféleképpen megnyilvánuló demokratikus ellenzék egyik hangadó személyisége volt. Írásait megjelentette az ellenzék szamizdat kiadványaiban, a Beszélőben, a Hírmondóban és egyebekben. Könyveit Demszky Gábor AB szamizdat kiadója jelentette meg. Gondolatait a Szabad Európa Rádiónak adott interjúiból ismerhette meg a szélesebb magyar közönség.
1982 szeptemberétől egy akadémiai éven át a Wissenschaftskolleg zu Berlin vendége, majd a következő évben the New York Institute for the Humanities ösztöndíjasa.
Az elkövetkezendő négy évben Konrád megírta a Kerti Mulatság (1985) című regényét, amelyet 1988 őszén hazaküldött a Magvető könyvkiadónak, ekkor már felszabadult a publikációs tilalom alól.
1986-ban Konrád meghívást kap a Jerusalem Literary Fundtól, és egy hónapot Jeruzsálemben tölt. Főként ekkor írta azokat az esszéket, naplójegyzeteket, zsidó tárgyú meditációkat, amelyeket A láthatlan hang (1997) című kötetben gyűjtött össze.
1992-ben és 1996-ban Konrád még visszatért Izraelbe, először egy hosszú életrajzi interjúra a Jeruzsálemi Egyetem részére, másodszor a ber shevai Ben Gurion Egyetemen tartott előadást a Zsidóság három útja címmel.[2]
1988-ban az Egyesült Államokban, a Colorado College-ban tanított világirodalmat. 1989-ben öt könyve jelent meg Magyarországon. 1990-ben Kossuth-díjjal tüntették ki.
1989-től kezdve, a rendszerváltás első éveiben Konrád aktívan részt vett a magyar közéletben, a demokratikus átalakulás egyik előgondolkodója volt. Alapító tagja a Szabaddemokraták Szövetségének, kezdeményezője és egyik szóvivője a Demokratikus Chartának. Gyakori szereplője volt mind az írott, mind az elektronikus sajtónak.
1990 tavaszán a Nemzetközi P.E.N. Klub elnökévé választották. Ezt a tisztét a terminus végéig 1993-ig töltötte be. Sokat fáradozott a bebörtönzött és üldözött írók szabadulásáért, és kerekasztal konferenciákra hívta meg a szétváló nemzetek íróit a megbékélés érdekében
1991-től családostul kedvelt nyaraló és munkahelye egy balatonfelvidéki felújított öreg ház Hegymagason. Itt írta többek között Kőóra (1995) és Hagyaték (1998) című regényeit, amelyek a Kerti Mulatság világát és figuráit vitték tovább.
1997-től 2003-ig a Berlini Művészeti Akadémia (Akademie der Künste) választott elnöke volt két cikluson át. Konrád volt az ADK első külföldi elnöke , sokat tett Európa keleti és nyugati felének szellemi közelítéséért , a közép-kelet-európai és ezen belül a magyar írók és művészek bemutatásáért. Tevékenységének a német közéletben elismerő visszhangja volt. Elnökségének idején kapta a Károly-díjat (2001) és Német Szövetségi Köztársaság Nagy Érdemkeresztjét (Das Grosse Verdienstkreuz des Bundesrepublik Deutschland).
Bár a regényeiben, különösképp a Kerti mulatság címűben, továbbá elszórt esszékben Konrád felidézte berettyóújfalui gyerekkorát, két utóbbi regényében – Elutazás és hazatérés (2001), Fenn a hegyen napfogyatkozáskor (2003) – kísérletet tett rá, hogy a dokumentumszerűen pontos történetet a regényes megjelenítéssel ötvözze.[3] Az első mű egy év – 1944-45 – történetét beszéli el, a második 50 év történetét, a huszadik század utolsó évéből, az 1999-es napfogyatkozás délelőttjétől, és a Szent-György-hegy csúcsáról kezdve a visszatekintést.
A két regény Európában külön-külön jelent meg, New Yorkban egy kötetbe összeszerkesztve, és megnyerte a Zsidó Könyvtanács első díját a memoár és önéletrajz kategóriában.
2006-ban jelent meg Csodafigurák című kötete, Arcképek, pillanatfelvételek alcímmel. Ezeknek az arcképeknek a többségét barátokról mintázta, egy részüket még életükben. Ezek a portrék folytatják azt a sorozatot, amelyeket Konrád az Író és a város (2004 ) című kötetben jelentetett meg hosszabb esszék társaságában.
Legújabb könyveiben - Kakasok Bánata (2005 ), Inga (2008) , Harangjáték, (2009) Vendégkönyv (2013) - költői sűrítéssel életfilozófiáját foglalja össze.