1993-ban jelent meg első regénye, A Köd Hercege, amiért megkapta az Edebé irodalmi díjat az ifjúsági irodalom kategóriában.

Legismertebb könyve A szél árnyéka. Megjelenésekor a The Sunday Times ezt írta: „Az a ritka regény, amelynek egyszerre briliáns a története, és nagyszerűen van megírva”; a Le Figaro így emlegette: „Az év legjobb könyve. Művelt, de mindenki számára elérhető”; a The New York Times még tovább ment: „García Márquez, Umberto Eco és Jorge Luis Borges találkozása egy újszerű és elsöprő varázslatban”. 2014-ben a Penguin Classics kiválasztotta a világirodalom történetének huszonhat klasszikusát (az angol ábécé mindegyik betűjéhez egyet-egyet), és a Z-t A szél árnyékának ítélte. Carlos Ruiz Zafón így Charles Dickens, Jane Austen, Marcel Proust és James Joyce társaságába került. A történetet aztán tetralógiává bővítette, így született meg az Elfeledett Könyvek Temetője-sorozat, melynek részei: A szél árnyéka, az Angyali játszma, A mennyország fogságában és a Lelkek labirintusa.